Mūsdienu Baškortostānā baškīri nonāca laika posmā no 13. līdz 15. gadsimtam, kad šo teritoriju bija pakļāvusi Zelta Orda. 1552. gadā teritoriju pakļāva Krievijas cariste un baškīri nonāca krievu pakļautībā. 1574. gadā tika dibināta Ufa, Baškortostānas lielākā pilsēta. 1919. gadā Padomju Savienības sastāvā tika izveidotā Baškīrijas Autonomā Republika.
Vēsturiski baškīri, līdzīgi kā citas tjurku tautas, bija klejotāji. Viņi audzēja zirgus un aitas, mazākos apmēros, arī govis un kazas. Padomju Savienības laikā baškīri vairāk pievērsās lauksaimniecībai.