Το πρωτάθλημα της Ε.Π.Σ. Πειραιώς περιόδου 1963-64 διοργανώθηκε σε τέσσερις κατηγορίες, την πρώτη (με συμμετοχή οκτώ συλλόγων), τη δεύτερη (σε 2 ομίλους των 8 ομάδων), την τρίτη (με δυο ομίλους των οκτώ) και την τέταρτη με δυο ομίλους των πέντε-έξι. Τον τίτλο της Α΄ κατηγορίας κατέκτησε η Δόξα Πειραιώς με 2η τη Χαλκηδόνα, οι οποίοι ανήλθαν στη Β΄ Εθνική κατηγορία. Στην δεύτερη, την τρίτη και την τέταρτη κατηγορίες υπήρχαν προκριματική και τελική φάσεις. Επίσης, η άνοδος κρίνονταν με "διαβάθμιση" μεταξύ των ουραγών των υψηλότερων κατηγοριών με τους τελικούς πρωταθλητές των χαμηλότερων. Πάντως λόγω αναδιάρθρωσης που περιελάμβανε την αύξηση των ομάδων της Α΄ Κατηγορίας και την κατάργηση της Δ΄ Κατηγορίας δεν υποβιβάστηκε καμία ομάδα και προβιβάστηκαν όλες όσες συμμετείχαν στην τελική φάση.
Το πρωτάθλημα κρίθηκε την τελευταία αγωνιστική στις 26 Δεκεμβρίου 1963, όπου η Δόξα Πειραιά κέρδισε τη Χαλκηδόνα 3-1 και την προσπέρασε στη βαθμολογία.[1]