Nằm ở hạ lưu sông Mekong, giáp với biển Đông, nơi mà 4 trong 9 "con rồng" nhả nước ra biển. Bến Tre có một mạng lưới sông ngòi chằng chịt với tổng chiều dài xấp xỉ 6.000 km, trong đó có sông Cổ Chiên 82 km, sông Hàm Luông 71 km, sông Ba Lai 59 km, sông Mỹ Tho 83 km. Mật độ sông ngòi dày đặt này đã khiến cho giao thông thủy thuận lợi, nguồn thủy sản phong phú, nước tưới cho cây trồng ít gặp khó khăn, tuy nhiên cũng gây trở ngại đáng kể cho giao thông bộ, cũng như việc cấp nước vào mùa khô, khi thủy triều biển Đông đưa mặn vào sâu trong kênh rạch vào mùa gió chướng.

Lịch sử các dòng chảy

Theo những kết quả nghiên cứu, trong khoảng 100 ngàn năm qua có 2 lần nước biển tràn ngập vùng châu thổ này. Lần thứ nhất cách đây 100 ngàn năm, lần thứ 2 cách đây 6 ngàn năm. Giữa hai thời kỳ này, toàn bộ châu thổ là lục địa (trừ Đồng Tháp Mười).

Khi nước biển tràn ngập lần thứ hai, dòng Mekong đổ nước ra biển ở một cửa sông nằm giáp ranh với Bảy Núi thuộc khu vực Châu Đốc. Cửa sông này có nhiều phù sa lắng đọng và nhiều bãi lầy. Lúc đó các đồi ở Long Xuyên còn là các hải đảo. Vì cửa biển Châu Đốc quá rộng, do tác động của biến tiến, biển lùi, dòng Mekong phải trải qua 4 ngàn năm mới cải tiến các đảo thành bán đảo, và lúc này dòng sông chẻ làm hai thành sông Tiền và sông Hậu. Vùng Cai Lậy, Bến Tre, đại bộ phận được hình thành cách đây 1000 năm. Càng về phía biển, đất càng trẻ. Sau đó, dòng sông Tiền lại chẻ thành sông Vĩnh Long, và sông Mỹ Tho, rồi sông Mỹ Tho lại chẻ thêm một nhánh nữa là sông Hàm Luông, phát triển cho đến nay thành các sông Mỹ Tho, Ba Lai, Hàm Luông, Cổ Chiên, với các cửa: cửa Tiểu, cửa Đại, cửa Ba Lai, cửa Hàm Luông, cửa Cổ Chiên, cửa Cung Hầu.