DDX23

DDX23
Наявні структури PDB Пошук для людей: PDBe RCSB Список кодів PDB 4NHO, 3JCR
Ідентифікатори
Символи	DDX23, PRPF28, SNRNP100, U5-100K, U5-100KD, prp28, DEAD-box helicase 23
Зовнішні ІД	OMIM: 612172 MGI: 1921601 HomoloGene: 3542 GeneCards: DDX23
Онтологія гена Молекулярна функція • nucleotide binding • GO:0008026 helicase activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • hydrolase activity • ATP binding • RNA binding Клітинна компонента • catalytic step 2 spliceosome • U5 snRNP • нуклеоплазма • spliceosomal complex • екзосома • клітинне ядро • ядерце • цитоплазма Біологічний процес • mRNA splicing, via spliceosome • RNA splicing, via transesterification reactions • mRNA processing • RNA secondary structure unwinding • Сплайсинг РНК • cis assembly of pre-catalytic spliceosome Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	9416	74351
Ensembl	ENSG00000174243	ENSMUSG00000003360
UniProt	Q9BUQ8	н/д
RefSeq (мРНК)	NM_004818	NM_001080981
RefSeq (білок)	NP_004809	н/д
Локус (UCSC)	Хр. 12: 48.83 – 48.85 Mb	Хр. 15: 98.54 – 98.56 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

DDX23 (англ. DEAD-box helicase 23) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 820 амінокислот, а молекулярна маса — 95 583.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MAGELADKKD		RDASPSKEER		KRSRTPDRER		DRDRDRKSSP		SKDRKRHRSR
DRRRGGSRSR		SRSRSKSAER		ERRHKERERD		KERDRNKKDR		DRDKDGHRRD
KDRKRSSLSP		GRGKDFKSRK		DRDSKKDEED		EHGDKKPKAQ		PLSLEELLAK
KKAEEEAEAK		PKFLSKAERE		AEALKRRQQE		VEERQRMLEE		ERKKRKQFQD
LGRKMLEDPQ		ERERRERRER		MERETNGNED		EEGRQKIREE		KDKSKELHAI
KERYLGGIKK		RRRTRHLNDR		KFVFEWDASE		DTSIDYNPLY		KERHQVQLLG
RGFIAGIDLK		QQKREQSRFY		GDLMEKRRTL		EEKEQEEARL		RKLRKKEAKQ
RWDDRHWSQK		KLDEMTDRDW		RIFREDYSIT		TKGGKIPNPI		RSWKDSSLPP
HILEVIDKCG		YKEPTPIQRQ		AIPIGLQNRD		IIGVAETGSG		KTAAFLIPLL
VWITTLPKID		RIEESDQGPY		AIILAPTREL		AQQIEEETIK		FGKPLGIRTV
AVIGGISRED		QGFRLRMGCE		IVIATPGRLI		DVLENRYLVL		SRCTYVVLDE
ADRMIDMGFE		PDVQKILEHM		PVSNQKPDTD		EAEDPEKMLA		NFESGKHKYR
QTVMFTATMP		PAVERLARSY		LRRPAVVYIG		SAGKPHERVE		QKVFLMSESE
KRKKLLAILE		QGFDPPIIIF		VNQKKGCDVL		AKSLEKMGYN		ACTLHGGKGQ
EQREFALSNL		KAGAKDILVA		TDVAGRGIDI		QDVSMVVNYD		MAKNIEDYIH
RIGRTGRAGK		SGVAITFLTK		EDSAVFYELK		QAILESPVSS		CPPELANHPD
AQHKPGTILT		KKRREETIFA

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як процесинг мРНК, сплайсинг мРНК, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами. Локалізований у ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.P., Grigorieff N., Moore M.J. (2002). Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis. RNA. 8: 426—439. PMID 11991638 DOI:10.1017/S1355838202021088
• Liu S., Rauhut R., Vornlocher H.-P., Luehrmann R. (2006). The network of protein-protein interactions within the human U4/U6.U5 tri-snRNP. RNA. 12: 1418—1430. PMID 16723661 DOI:10.1261/rna.55406
• Gilmore-Hebert M., Ramabhadran R., Stern D.F. (2010). Interactions of ErbB4 and Kap1 connect the growth factor and DNA damage response pathways. Mol. Cancer Res. 8: 1388—1398. PMID 20858735 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-10-0042
• Teigelkamp S., Mundt C., Achsel T., Will C.L., Luehrmann R. (1997). The human U5 snRNP-specific 100-kD protein is an RS domain-containing, putative RNA helicase with significant homology to the yeast splicing factor Prp28p. RNA. 3: 1313—1326. PMID 9409622

Див. також

• Хромосома 12