台糖出品的梅花豬片被台中市政府驗出瘦肉精，農業部防檢署到養豬場採檢，以及複檢台糖同批產品，結果都呈現陰性，綠營及側翼也群起圍剿中市府檢驗烏龍，把科學問題變成了政治問題。然而，中央這兩次檢驗都是交由農業部直接控制的中央畜產會，雖然農業部強調畜產會實驗室經過國家認證，問題是，民間有這麼多實驗室，為何每次都找自家的畜產會？被質疑也是剛好而已。
過去不被外界熟知的畜產會，去年因為進口蛋風波而聲名大噪。畜產會是主要由農業部捐助成立具有官方色彩的財團法人，這個編制將近千人的肥大組織，9成以上的收入都是接受農業部的委託案，本身根本沒有拓展業務的能力，可說都是仰賴政府的奶水存活。畜產會的董事長過去也都是由卸任農委會主委擔任，跟官方的關係向來密切。
畜產會去年就是負責執行農業部所委託的雞蛋進口專案業務，但不論從前期的招商以及後期的執行，可說荒腔走板。先是由畜產會指定特定廠商，讓超思這家一人公司就進口了8千多萬顆巴西蛋，占所有進口蛋的6成多，賺走大筆費用，最後這些蛋卻幾乎都滯銷，農業部不僅花了大筆錢進口蛋，還花了一大筆錢銷毀。
畜產會不僅執行雞蛋專案進口過程完全黑箱作業，後來更爆發指使加工業者把巴西蛋做成的冷凍蛋液改標為台灣 3A娛樂城 製，這起風波最後導致陳吉仲及畜產會董事長林聰賢難堪下台，畜產會可說公信力早已破功。
而官方每次有藥殘爭議事件，似乎都喜歡找上自家人畜產會檢驗。前年6月台灣石斑魚遭大陸多次驗出孔雀綠等禁藥殘留而遭到暫停進口，當時的農委會主委陳吉仲除了照例嗆聲大陸片面中斷不符國際貿易規則外，並表示農委會也會進行石斑魚養殖場檢驗。
後來，漁業署很快就舉行記者會宣布11家養殖場檢驗結果，稱魚體、池水、土底檢驗一切合格，沒有發現使用違規禁藥。但漁業署對於媒體詢問是找哪家實驗室卻支吾以對，僅強調是國家認證的實驗室，後來才被迫承認是找畜產會檢驗，引起外界譁然，被質疑是左手給右手驗，根本球員兼裁判。
當時外界就懷疑，農業部恐怕是對檢驗結果也沒信心，所以先找自家人來驗，方便進行「損害控管」。這次爆發瘦肉精風波，防檢署會同嘉義縣政府衛生單位前往位在供應台糖豬隻的南靖養豬場採檢，送到畜產會檢驗，並且隔天就火速公布檢驗一切都是陰性。而農業部後續就台糖同批肉品復檢，又那麼巧，也是送給畜產會檢驗，好似全台灣就只有畜產會有實驗室，還是，難不成真應了周星馳「功夫」電影裡的那句台詞「裁判、球評、旁證都是我的人，你怎麼跟我鬥？」
做為食安的地方主管機關，地方政府向來都是跑在中央前面，尤其是台中市，當時蔡政府開放萊豬進口，即率先制定萊克多巴胺零檢出的食安地方自治條例，被行政院認定牴觸上位法令無效，台中市也提起行政訴訟。這回瘦肉精風波，面對綠營的質疑，台中市衛生局堅持「有驗出就是有驗出」，既然中央也對於檢驗結果有信心，那就請找SGS第三方公正單位檢驗，才能讓大家都心服口服。