和政府機關相較，行政法人鬆綁用人與薪資彈性，但卻也讓人詬病在缺乏足夠的監督機制之下，養出一堆冗員。行政法人董事長和行政首長（院長／總監）的職權分工也常引發爭議，影響法人運作的效率和成績。朱宗慶 3A娛樂城 主持完成的研究報告「文化類行政法人之運作、發展及政策建議」深度訪談數十位行政法人員工，但以匿名方式呈現，攤開行政法人檯面下的諸多問題；同時也召開座談會，邀請相關專家學者暢談法人的得失利弊。
以文策院為例，不具名內部員工坦承缺乏籌備期，導致初創立時員工都不知道工作內容與方向。文策院的主要業務之一是投資文創產業，需聘請投資眼光精準的經理人，但此類人才在市場上的薪資待遇並非行政法人所能承擔，進來文策院的人需要「佛心」，卻又手握政府大筆投資資金。此一報告建議，將績效管理融入組織文化與獎勵制度，在財務許可的情形下，進一步將績效制度與薪資待遇連結，例如設計績效獎金制度，鼓勵員工追求績效。
行政法人還有一個長年爭議—究竟是採「董事長制」還是「總監/院長制」？董事長和總監／院長誰說了算？這在過去的中正文化中心，和現在的文策院都產生爭議，同時衍伸出行政法人董事長究竟該採「有給職專任」或「無給職兼任」的問題。
曾兼任文策院董事長的彭俊亨便認為，文策院涉及國發基金對文創產業的投資與資源分配，委辦業務的金額也可觀；董事長是法人的代表人， 3A娛樂城 卻要無給職者兼任承擔法律責任，作法有待商榷。但曾擔任國表藝董事長的朱宗慶卻認為，「無給職」是最理想的設計，因為它能夠確保國表藝三場館的專業經營是由總監負責，董事長則作為適當的監督跟溝通平台，以此支持營運團隊，但應該要有無給職和有給職之間的相對「酬勞」的思考和設計。
此一報告則指出，行政法人董事長專任的優點，在於可深入參與組織的決策與運作，但潛在的風險是其意見若與總監／院長不一致，會影響到組織的營運方向與外部形象。至於董事長若為兼任，其優點在於尊重總監／院長的專業治理。報告最後指出，行政法人董事長究竟應為專任或兼任應有彈性的思考；更關鍵的問題在於，兩者是否能磨出良好的互動模式。