Ce tableau a été peint pour la chapelle Cerasi de l'église Santa Maria del Popolo en même temps que ''[[La Conversion de saint Paul sur le chemin de Damas]]'' (1601) qui lui fait face. Il a été commandé, en 1600, par l'évêque Tiberio Cerasi, trésorier pontifical, pour la chapelle qu'il vient d'acquérir pour y être inhumé à sa mort<ref name="Salvy">[[Gérard-Julien Salvy]], ''Le Caravage'', Gallimard, coll. « Folio », 2008 {{ISBN|978-2-07-034131-3}}, {{p.}}140-144</ref>.
Deux tableaux sont commandés à cette occasion à Caravage désigné comme « ''egregius in Urbe Pictor'' », ''La Conversion de saint Paul'' et le ''Crucifiement de saint Pierre'', des œuvres qui devront être peintes sur bois de cyprès d'une hauteur de dix ''palmi''. Livrées six mois plus tard, les œuvres initiales sont refusées et remplacées par des œuvres sur toiles<ref name="Salvy"/>.
Les œuvres de cette chapelle ne seront pas finies, à la mort du commanditaire, le 3 mai 1601.